그러나 한편으로는 소비자들의 농약오염 인식으로 복용기피 현상이 있어 문제점으로 지적되기도 했다.
  구기자를 닦으면 농약이 뿌옇게 나온다.  구기자 열매에 매일 농약을 살포한다.  구기자 잎에 농약이 항상 묻어 있다는 등의 오해가 일었었다.
  이에 청양군에서는 충남보건연구소에 연구를 의뢰 86년 5월 구기자와 구기자 차에 대한 중금속, 비소, 타알색소 검사 결과 이들 유해성분이 전혀 검출되지 않은 것으로 판명되었으며 90넌 12월 농약잔류 독성검사를 충남보건환경연구원에 의뢰 유기염소계 농약 8종, 유기인계 농약 8종 잔류거사결과 이들 농약이 전혀 검출되지 않았으며 다만 켑타롤 0.29mg/kg이 검출되었으나 이는 사과.배 등 과일 기준치 5.0mg/kg에 휠씬 미달하는 것으로 최종 판명되어 청양 구기자 농약오염은 거의 기우에 불과했다.
  다만 농약오염 오해의 소지는 재배농가민들이 친인척들의 무상공여 요구에 대한 강력한 거절 방편으로 농약오염을 소문으로 유포했고 가을 수확기에 흰가루병으로 구기자 잎이 하얗게 된 것을 농약이 묻은 것으로 오인했으며 낙화후 성숙가지의 기간이 40~50일이 소요되어 그 기간동안 먼지등 협집물이 부착되어 있어 닦으면 혼탁한 물이 나오는 것을 농약으로 오해한 것으로 밝혀졌다.
  이상의 학문적이고 과학적인 연구결과 구기자는 농약 및 중금속에 오염되지 않는 보약중의 명약으로 입증되었다.  충남 보건 연구원의 검사 결과는 도표와 같다.

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